1. การแช่เมล็ดถั่วเขียวในอุณหภูมิที่ต่ำหรือสูงเกินไป อูณหภูมิที่เหมาะสมอยู่ที่ 50 องศา
2. ระยะเวลาแช่เมล็ดถั่วเขียวนานเกินไป เวลาที่เหมาะสมคือ 5-6 ชั่วโมง ถ้าเกินกว่านี้ เช่น 8 ชั่วโมงขึ้นไป จะทำให้เมล็ดถั่วเขียวพองเกินไปจะทำให้เน่าได้ในที่สุด
3. ความถี่การรดน้ำ เช่นทุก 1 ชั่วโมง หรือ 2 ชั่วโมง ซึ่งก็ขึ้นอยู่กับวิธีการเพาะของแต่ละคน
4. คุณภาพของเมล็ดถั่วเขียว เนื่องจากผู้ขายเมล็ดถั่วเขียวมีหลายราย แต่ละรายก็อาจจะมีเมล็ดถั่วให้เลือกหลายราคา ซึ่งคุณภาพก็แตกต่างกันไปตามราคา
5. อุณหภูมิของอากาศ ถั่วงอกจะเพาะงอกได้คุณภาพดีที่อุณหภูมิ 25-35 องศา ถ้าอุณหภูมิสูงจะช่วยให้งอกได้เร็วขึ้นไม่เกินสามวันครึ่งถังสี่วันก็เก็บได้
น้ำที่ใช้เพาะถั่วงอกในระบบน้ำวนจะเน่า มีกลิ่นเหม็น
เมล็ดถั่วเขียวเน่า เพาะไม่งอก
สรุป การจะเพาะถั่วงอกไม่ให้เกิดปัญหาเน่าเสีย คือ ต้องแช่เมล็ดถั่วเขียวที่อุณหภูมิที่ 50 องศา เป็นเวลา 5 ชั่วโมง และรดน้ำทุก 1 ชั่วโมง
